Fin dalla sua istituzione nel 1895, il "Museo strumentale antico e moderno" dell'Accademia si è caratterizzato per l'estrema diversità delle tipologie degli strumenti di tradizione colta, etnica, europea ed extraeuropea. Nel 1900 la collezione contava 77 strumenti, in parte acquistati dall'Accademia, in parte donati da antiquari e collezionisti. La collezione, oggi costituita da 266 strumenti e da una trentina di oggetti e cimeli, è stata sottoposta a partire dal 1993 ad una sistematica catalogazione e ad un accurato restauro, quando necessario; il passo successivo sulla strada della piena valorizzazione della collezione è l'esposizione in un nuovo spazio museale, ora in fase di progettazione. Tre nuclei nella raccolta spiccano per maggiore importanza ed interesse:
gli strumenti pervenuti nel 1926, lascito della regina Margherita di Savoia (26 esemplari, per lo più liuteria a pizzico, alcuni di raro pregio);
due quartetti ed altri singoli pezzi provenienti dai Concorsi nazionali di liuteria promossi dall'Accademia fra il 1952 e il 1956;
la donazione effettuata da Gioacchino Pasqualini, violinista e studioso di fisica acustica, conservatore del museo negli anni '60 e fondatore dell'Associazione Nazionale Liuteria Artistica Italiana (numerosi strumenti fra cui importanti esemplari di liuteria ad arco).
È poi da ricordare l'esemplare più noto ed importante del Museo, il violino Stradivari del Quintetto Mediceo, detto "Il Toscano", acquistato dall'Accademia nel 1953.
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